1. 含可見光和熒光染料,既可以用金屬浴和水浴擴(kuò)增用可見光肉眼判斷結(jié)果,也可用熒光 PCR 儀進(jìn)行實(shí)時(shí)熒光檢測。
2. 內(nèi)含的 dUTP-UNG 可防交叉污染。
3. 特異性比 RT-PCR 高,因?yàn)?/font> RT-LAMP 擴(kuò)增使用 4-6 條引物而不是兩條。
4. 靈敏性可達(dá) 10 拷貝/反應(yīng)以下(隨引物而不同),故假陰性率更低。
只可用于科研,只可進(jìn)行定性檢測,不能用于定量檢測。
成份 | 編號(hào) | 塑料盒包裝 |
MMLV 逆轉(zhuǎn)錄酶(含 RI),200U/μL | 60905a | 50 μL(黃蓋) |
4×RT Buffer(含 dNTP) | 60905b | 250 μL(白蓋) |
5×熒光及可視化LAMP MagicMix | 200603a | 200 μL(綠蓋) |
Bst DNA 聚合酶 2.0(8U/uL) | 200403 | 50 uL (紅蓋) |
RT-LAMP 陽性對照模板-引物混合物 | 130923a | 20 μL(黃蓋) |
超純水 | 100935 | 1mL(亮黃蓋) |
使用手冊 | 200603sc | 1 份 |
低溫運(yùn)輸,-20℃保存,保存期限為一年
RT-LAMP 模板及 RT-LAMP 引物、PCR 級(jí)石蠟油(僅對使用金屬浴或水浴者)。
準(zhǔn)備工作:如果使用水浴鍋或金屬浴,需要在實(shí)驗(yàn)啟動(dòng)前打開并調(diào)到 60-65℃。如果用金屬浴,還必須在孔中加水以填充金屬孔和反應(yīng)管間的空隙。金屬浴和水浴溫控遠(yuǎn)遠(yuǎn)不如PCR 儀器,所以使用前需要用陽性對照和陰性對照(水)做預(yù)實(shí)驗(yàn)確認(rèn)可用。一、樣品 RNA 的制備
1. 用自選方法純化樣品的 RNA,本試劑盒跟市場上大多數(shù) RNA 提取試劑盒兼容。
2. 如果有 N 個(gè)樣品,則至少需要做 N+2 個(gè)樣品制備,包括一個(gè)制備陽性對照(制備時(shí)加入自備的跟要檢測的靶分子相同的陽性對照模板,一起經(jīng)歷提取過程)和一個(gè)制備陰性對照(用水替代樣品)。最后 N+2 個(gè)樣品一起進(jìn)行 RNA 提取操作,得到 N+2 個(gè) RNA 樣品。
二、合成 1st-strand cDNA
按下表配制 RT 反應(yīng)體系:
成分 | 加入量 |
自備 RNA 模板總 RNA 或 poly(A) mRNA 或?qū)R坏?RNA 注意:RNA 樣品不能有基因組 DNA 污染。 |
100-500 ng 10-500 ng 0.01pg-500ng |
自備引物 F3 | 1 μL |
4×RT Buffer(含 dNTP) | 5 μL |
自備 RNase-free 水 | 補(bǔ)水到 19 μL |
4. 70℃保溫 5 分鐘后立即冰浴。
5. 37℃保溫 5 分鐘。對富含二級(jí)結(jié)構(gòu)的高 GC RNA 模板,可改成 45℃保溫 5 分鐘。
6. 加入 1μL (=200 U) MMLV 逆轉(zhuǎn)錄酶(含 RI),終體積為 20μL。
7. 42℃保溫 60 分鐘。
8. 70℃保溫 10 分鐘以終止反應(yīng),放置在冰上待用。合成的 cDNA 可以直接作為
LAMP 模板使用,不需要純化。
三、 熒光及可視化 LAMP 擴(kuò)增及檢測(20μL 體系)
9. 反應(yīng)設(shè)置:如果有 N+2 個(gè) cDNA 樣品,則最好設(shè)置 N+4 個(gè)LAMP 擴(kuò)增,增加 LAMP
陰性對照和 LAMP 陽性對照各 1 個(gè)。在 N+4 個(gè) 0.2mL PCR 管中加入下列成分:
10. 混勻后進(jìn)行擴(kuò)增。由于本產(chǎn)品含雙染料,可以根據(jù)實(shí)驗(yàn)室條件選擇下列三種方式進(jìn)行擴(kuò)增和檢測。
11. 如果使用PCR 儀、金屬浴或水浴進(jìn)行擴(kuò)增,肉眼檢測,則必須先在每個(gè)反應(yīng)管中加 30 μL 自備的石蠟油,否則保溫期間反應(yīng)體系的水分會(huì)蒸發(fā),影響反應(yīng)效率(如果使用 PCR 儀器并開啟熱蓋,則可以不加石蠟油)。60-65℃保溫 90 分鐘,肉眼觀察管內(nèi)液體顏色。
12。如果使用熒光定量 PCR 儀:設(shè)為 60-65℃保溫 1 分鐘/循環(huán), 90 個(gè)循環(huán),每分
鐘在 FAM 通道采集一次熒光信號(hào)。
13. 如果使用PCR 儀、金屬浴或水浴進(jìn)行擴(kuò)增,再使用 qPCR 儀進(jìn)行終點(diǎn)法熒光讀數(shù): 則在擴(kuò)增前和擴(kuò)增后,分別在 qPCR 儀器上測熒光讀數(shù)(溫度設(shè)為 60-65℃,1 次循環(huán),每次循環(huán) 1 分鐘,在 FAM 通道采集一次熒光信號(hào)。注意:測熒光讀數(shù)必須在 65℃進(jìn)行)。擴(kuò)增反應(yīng)按 60-65℃,90 分鐘進(jìn)行。
四、 結(jié)果分析及解讀
14. 如果是用普通PCR 儀器、水浴或金屬浴進(jìn)行的擴(kuò)增,反應(yīng)結(jié)束后只能肉眼判斷結(jié)果。將反應(yīng)管放置在白色背景(如白紙)前觀察。擴(kuò)增陽性對照管內(nèi)反應(yīng)液將呈現(xiàn)藍(lán)色,無模板和無引物的陰性對照將呈淺藍(lán)色。如果擴(kuò)增陽性對照管內(nèi)反應(yīng)液不呈現(xiàn)藍(lán)色,或無模板和無引物的陰性對照任何一個(gè)呈現(xiàn)藍(lán)色,則說明試劑有問題,實(shí)驗(yàn)無效。請跟廠家聯(lián)系。
15. 如果實(shí)驗(yàn)有效,則分析 N+2 個(gè)樣品管的結(jié)果。如果樣品管反應(yīng)液的顏色接近擴(kuò)增陽性對照管則說明有擴(kuò)增,如果接近無模板和無引物的陰性對照,則說明無擴(kuò)增。反應(yīng)結(jié)果示例見左圖(9 為陰性,10 為陽性)。
16. 如果是用熒光PCR 儀進(jìn)行擴(kuò)增,則可分析擴(kuò)增曲線和 Ct。試劑盒提供的陽性對照的 Ct 將小于 60,如果大于 60,說明試劑可能失效,需跟廠家聯(lián)系。無模板陰性對照和無引物陰性對照的 Ct 將大于 90。如果任何小于 90,則說明試劑或環(huán)境被污染,需重復(fù)實(shí)驗(yàn)或跟廠家聯(lián)系。如果陽性對照和陰性對照 Ct 都在正常范圍,則分析樣品的 Ct。Ct 小于 60 的判斷為陽性,大于 90 判為陰性,在 60-90 之間則需要重復(fù)檢測。
17. 如果使用 PCR 儀、金屬浴或水浴進(jìn)行擴(kuò)增,肉眼檢測,再使用熒光定量 PCR 儀進(jìn)行終點(diǎn)法熒光讀數(shù)來判斷陰陽性,則先比較陽性對照和陰性對照。陽性對照樣品擴(kuò)增后信號(hào)增幅應(yīng)該超過 100%,陰性對照擴(kuò)增后信號(hào)增幅應(yīng)該低于 50%,否則實(shí)驗(yàn)無效,請與廠家聯(lián)系。如果兩個(gè)對照均有效,則比較樣品擴(kuò)增前后熒光讀數(shù)的差值。如果擴(kuò)增后熒光信號(hào)增幅低于 50%,則判斷為陰性。如果熒光信號(hào)增幅高于 100%,則判斷為陽性。熒光信號(hào)增幅在 50-100%之間的,則需要重測。
18. 當(dāng)實(shí)時(shí)熒光檢測和可視化檢測同時(shí)用于判讀結(jié)果時(shí),如果彼此不一致,以實(shí)時(shí)熒光LAMP 的數(shù)據(jù)為準(zhǔn)。一般可視化結(jié)果滯后實(shí)時(shí)熒光檢測結(jié)果 20-30 分鐘,也就是說,在 qPCR 儀上第 30 分鐘時(shí)呈現(xiàn)陽性的樣品,其反應(yīng)液的顏色變化一般在第
50-60 分鐘時(shí)才能觀察到。